支原体感染造成睡眠中咳嗽醒来可以采取普通治疗、药物治疗等措施。
普通治疗患者要多休息、多饮水，防止劳累和猛烈
运动，
坚持室内空气流通，防止吸入抚慰性气体。饮食方面要留意平淡，防止辛辣、平淡等抚慰性食物，以免减轻咳嗽症状。
药物治疗可以经常使用大环内酯类抗生素，如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等，可以减轻炎症，缓解咳嗽症状。假设咳嗽猛烈，可以经常使用镇咳药物，如右美沙芬等。假设患者有发热症状，可以经常使用退热药物，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
要求留意的是，患者要严厉遵医嘱用药，不要自行用药，以免惹起不良反响。同时，要留意观察病情变化，如出现症状减轻或出现其他不适，要及时就医。